Netflix影集《少年法庭》劇情講述一位討厭少年犯的法官沈恩錫到延和地方法院後，審理一樁樁少年犯罪案件的故事。恩錫嚴厲的審案風格備受質疑，不過她總能靠著冷靜的判斷力偵破案件，然而透過一次次審案，恩錫重新審視了自己一段痛苦的過往，感人的結局令人落淚。
第1集
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在下雪的街道上，一群不良青少年在抽煙，此時有個穿著帽T身上沾染大片血跡的少年，流竄在街道上到處向人借手機，不過大家光看到他的模樣就快嚇死了。少年一臉恐懼地到警察局前面，他說自己殺了人要自首，並拿出斧頭。
被害者是年僅9歲的國小男童，生前和少年完全沒有任何關係。自首殺人的少年名為白成友，他在案發後8小時主動投案，因為成友年僅13歲，以《少年法》看是不用負刑事責任，但這個案件因過於兇殘，引起了極大的討論度。沈恩錫是新上任的右陪席少年法官，初到延和少年刑事合議庭時，她接受了媒體採訪，當對方問她為什麼要選擇當少年法官時，恩錫說她是因為厭惡少年犯，才選擇成為少年法官，恩錫一上任就接手成友的案件。
少年法官的職責之一，就是要關注犯罪少年的後續狀況，因此恩錫和泰柱一同和少年犯們聚餐。原先愉快的飯局卻發生一件小插曲：餐廳有客人的皮夾被偷了。客人懷疑是有偷竊前科的雪雅做的，場面混亂下恩錫淡淡地說要報警，後來皮夾在地上一角被找到了，雪雅要恩錫為誤會她而道歉，不過搜了她的身，發現雪雅的確有順手牽羊偷了其他人的皮夾，只是對方並未發現而已，此時恩錫舉起皮夾說：「這就是為什麼我會鄙視你們的原因，因為你們永遠不會改過自新。」
到了開庭日，白成友的媽媽卻沒有準時抵達法庭，成友說自己吃藥後帶知煦回家，知煦喋喋不休讓他覺得很惱火，於是他在家裡沒大人的時候痛下毒手，成友殺了人，表情卻絲毫不敢愧疚，甚至他還笑著回答：「我聽說年紀未滿14歲殺人也不用入獄，是真的嗎？太爽了。」
白成友自稱是在思覺失調症的情況下犯下殺人罪，不過沈恩錫卻有些疑惑，她認為思覺失調症發作時，犯人是無法冷靜地分屍跟清理現場血跡，在她質疑的瞬間，白成友變得非常慌張，敏銳的直覺告訴恩錫她的懷疑是對的。調查成友的通聯紀錄時，恩錫發現他和一位名為「韓睿恩」的人頻繁聯繫，透過雪雅的情報，恩錫掌握了睿恩的位置，最終在小巷逮住了她。
第2集
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恩錫準備向韓睿恩問話，不過她的父母長年定居美國，睿恩的事情由律師事務所的人許贊墨代為管理。問話時韓睿恩一直裝傻，說自己跟智友不認識，沈恩錫只好調出通聯記錄證明兩人關係密切，韓睿恩逐漸流露心虛的模樣，恩錫告訴她，白成友未滿14歲可免除刑事責任，但她不是，且最高可判處20年有期徒刑。
恩錫再給出一個關鍵證據，案發當日的現場電梯監視器錄像中，有拍到韓睿恩的臉，韓睿恩越來越害怕，但嘴上依舊說只是巧合，為了怕韓睿恩逃跑，恩錫在沒有請示長官的情況下將睿恩帶到少年分類審查院。
部長姜源中事後知道非常生氣罵了車法官，恩錫到場後則主張雖然睿恩、成友只是少年犯，但若現在不管，他們長大後變本加厲，只會有更多像知煦一樣的受害者和受害家庭：「我們必須得告訴他們法律有多麼可怕！我們必須教育他們，要是傷害別人，就必須付出多慘痛的代價。」、「我要用法律來證明，嚴懲不貸。」
暫時說服姜源中後，沈恩錫繼續把重心轉回到案子本身，車泰柱告訴白成友的媽媽韓睿恩涉入案件的事，她則答應會說服自己兒子提供口供。在許贊墨的爆料下，恩錫的調查方法被質疑過激並被大肆報導，在反對聲浪下部長決定改由車泰柱擔任案件的主審法官。
庭審中，成友改為主張自己只是殺人幫助犯，韓睿恩的主治醫生說睿恩是有妄想症，律師主張這次的罪行只是偶發性犯罪。恩錫試著分化成友和睿恩間的關係，結果奏效了，兩人當場在法庭大吵並互相卸責，受害者知煦的母親感覺這兩個殺人犯似乎完全不把人命當一回事，徹底地崩潰。
睿恩、成友犯下的罪，在法官審問下成為了事實，韓睿恩判處20年有期徒刑，成友則判十號處分（少年輔育院2年），結束了這樁被社會大眾關注的案件，泰柱擔心地問這樣的處分真的能達到效果嗎？恩錫則回答：「就算我們是法官，也沒辦法改變他的本質。」
第3集
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儘管9歲男童知煦的命案已找到兇手並結案，民眾仍希望少年法修改。學生徐有悧說要找車泰柱法官，卻突然昏了過去，送去醫院後發現有悧有長期受虐的情形。恩錫打電話給保護觀察所調查有悧，觀察所說她已經消失好一陣子，也一直聯絡不上。
有悧一醒來就說要走，追問下仍不說自己怎麼突然暈倒，所以恩錫決定自己去調查，到訪有悧工作的髮廊時，員工告訴恩錫有名男人很常來找有悧，有悧每次和他見面，回來後身上都有瘀青，男人的年紀偏大，在那個員工眼裡看來，兩人很像有在做援助交際。
恩錫追問有悧時，有悧的奶奶突然來了，她告訴恩錫，孫女身上的傷口都是摔倒造成的，並藉故帶著有悧離開，恩錫覺得非常可疑。恩錫到療養院探訪有悧的爺爺徐勸春，看護說有悧個性叛逆不在乎生病的老人家，不過有悧每天下班都會過來一趟，所以恩錫不認為有悧有看護所說那麼壞。恩錫從對話發現，有悧是家庭暴力的受害者，而她的父親就是加害人，此時恩錫收到警局的電話說有悧爸爸通報有悧逃家，恩錫堅決地向警方說絕對不能讓他們父女接觸到彼此。
因有悧受暴卻不願通報，恩錫打算以虞犯的身份將她暫時關起來，不過此時醫院卻打來電話說有悧離開醫院了。恩錫得知有悧是因為害怕不敢通報自己被家暴的事實，權衡之下恩錫決定以虞犯身份將她逮捕，這個做法並不被車泰柱法官認同。
庭審開始，恩錫以有悧父親徐元植涉嫌觸犯兒少法傳喚他，並將以此啟動被害兒童保護令聲請的審理程序，徐元植覺得自己只是在管教孩子，不過照片中有悧的傷口都是他家暴的證據。警方以證人的身份提供有悧被家暴時的錄音檔，使這段家暴成為事實。
第4集
恩錫宣告徐元植停止親權一年，並且因接受酒精成癮諮商治療，而要進入戒治機構監管一年時間，若有需要將延長期限。恩錫和車泰柱在路邊攤吃宵夜，泰柱提起他童年深受家暴曾試圖殺害自己父親，後來有位法官改變了他的人生，泰柱深受啟發，為了不要再有更多青少年像他一樣，才立志成為少年法官。
恩錫和泰柱隨著部長姜源中一同前往蔚藍青少年恢復中心訪查，此時到了門口泰柱卻接到電話，得知蔚藍中心遭舉報有虐待兒童及挪用捐助金的嫌疑，他將此事告訴部長並希望要調查，部長卻不予理會還因電視台有事早退了。恩錫和泰柱詢問恢復中心的青少年時，得知責任人吳宣慈讓她們吃餿掉的飯，還會毒打她們，其中有位名為陶裕慶的少女還住院了。
恩錫和泰柱為此事找吳宣慈面談，宣慈說這些指控皆為不實，這些青少年們只是想擁有更多自主權才故意為之，此時恩錫告訴她，其實早上她們就有發現裕慶是因為被少女們集體霸凌才骨折送入醫院，不過在調查時也確定負責人宣慈的確有私用補助金，並將深入調查。
恩錫和泰柱去醫院探視陶裕慶，得知宣慈挪用補助款是為了支付裕慶的住院金，恩錫回到恢復中心，看見房子裡滿地玻璃碎片，少女們還離開家裡了，宣慈的女兒雅凜這時出現並告訴她，母親為了恢復中心離婚，長期忽視自己的小孩，於是她在媽媽因病暈倒並進入醫院後，拿著球棒砸家裡的東西並把少女們趕走，恩錫拼湊一切資訊得知雅凜就是當初舉報蔚藍恢復中心的人。
第5集
恩錫帶著雅凜一同外出找逃家的少女們，不過卻完全找不到她們的身影。宣慈醒來後回到恢復中心，看見家裡亂七八糟，一同加入找尋少女的行列，就在此時警方打電話來，其中一位少女在逃跑中受傷，被同伴拋棄勒索後到警局投案，並說其他人打算到附近的火車站，但儘管多了一些新訊息，搜查上還是有一定難度。
恢復中心接到來自其中一個逃家少女妍知的電話，得知少女團已到首爾市區，並打算將妍知送去援交，一行人努力追查下，終於抓到其中一位失蹤少女慧琳，並得知妍知的所在位置，緊要關頭之際救了妍知並逮捕想侵犯她的人。
終於找到離家少女們的下落，恩錫將妍知送往少年分類審查院，其他人則接受警方調查，不過帶頭的瑛那卻不見人影，雅凜說自己以瑛那的弱點威脅她，所以她此時應該去找了生病的母親。恩錫和宣慈到瑛那母親的住處卻找不到人，後來在樓梯間看見滿身傷口的瑛那。一問才知道，瑛那原先以為母親是生了重病才無法照顧她，後來發現自己是被拋棄了。
瑛那被送往少年分類審查院，宣慈告訴恩錫，其實少年們之所以會選擇自虐，多半是來自原生家庭的缺陷，導致他們會想用自我毀滅的方式報復。恩錫告訴宣慈，其實當初有人檢舉蔚藍恢復中心，且那個人就是她自己的女兒雅凜，雅凜明白母親是因為曾流產，才把離家少女當成自己當年未來到世上的孩子般疼愛，不過她不捨母親為了照顧離家少女們忽視自己的家庭，且當母親暈倒後，這些離家少女只會落井下石，她才氣得把她們趕走。
離家少女們因霸凌同伴等不良行為要面臨庭審，主審法官恩錫給了她們新的處分，同時要她們的原生家庭接受親職教育，學會為自己的小孩負責。最後她下了結語：「少年是無法獨自長大的，今天的處分對象雖然是少年們，但是處分的重擔監護人也必須共同承擔。」經歷一番事情後，蔚藍恢復中心主任宣慈決定準備後重新出發。
第6集
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部長姜源中接下了自己孩子就讀的聞匡高中一起集體舞弊洩題案，並投了辭呈說自己在處理完這個案件後就會辭職，不過在接下案子後，他發現自己的兒子信宇涉入其中，讓情況變得很棘手。兒子信宇仍受不住壓力決定去自首，令原先就已很煩惱的源中更加煩躁，氣得大罵信宇要死別拖著家人，到了法院源中宣布參選的消息已透過新聞台公布，原先天大的喜訊卻讓他開心不起來。
正當源中陷入天大的抉擇時，一個雪上加霜的消息來了——大兒子信宇進了醫院，信宇因偌大的壓抑，在警察局前衝入車陣中尋死，現在失血過多正在急診室中，源中此時後悔自己以前對大兒子過於嚴格，總要他滿足自己的期待，也長期沒有關心他，源中掙扎之下，決定打給國會議員嚴峻奇。
恩錫為了校園舞弊案庭審個案李惜炫時，發現對方的媽媽絲毫沒有悔意，她決定之後要單獨對惜炫提問。事務官對於韓國升學文化相當了解，他說要考上名門大學，學生除了要花大量時間，家長也要投入大量的金錢讓小孩補習，全韓國甚至有七成學生都是在同樣的情況和壓力下讀書的。
源中告訴嚴峻奇自己決定放棄參選，不過峻奇說消息已經發布，一切沒有回頭路了，要他以保護兒子為前提處理好這個案子，並要他在補選中獲勝。源中偷偷見了舞弊案的負責人校務部長，要他無論如何在庭審中都要否認所有指控，自己則在審判時全數駁回檢方證人，並採納了律師方的所有證人，這點讓恩錫覺得他有失偏頗。
恩錫從李惜炫的口供中得知，不是所有作弊的學生都有被逮到，她決定調查全校學生的試卷。恩錫從考試卷判斷外洩的並非題目卷而是答案卷，並歸納出幾個可疑學生名單，恩錫換個角度想，鎖定綜合表現差，必須重考，但一定上得了首爾大學的個案，曾看過姜源中相框的全家福照的恩錫，發現信宇就是遺漏的人選之一，得知真相後恩錫和姜源中部長見面並要他自首。
第7集
原以為會延期的庭審如期舉行，檢方質疑庭上有失公平的嫌疑故聲請迴避，恩錫則強行將審判暫停一小時，並堅持要部長向長官自首，部長則叫她提出證據，不然就會毀了她，在兩方僵持不下的情況下，泰柱表態希望恩錫不要再追查下去，恩錫則要他退出庭審。
恩錫決定自己查明事情的真相，在苦無證據的情況下，恩錫找姜信宇面談，信宇在掙扎下決定自首並將此事告發到院長耳中。事跡敗露後，恩錫和源中私下面談，恩錫知道源中之所以這麼努力想進入國會，是為了推動《少年法》的修訂，但她仍認為不可因此忽視受害學生的權益，希望部長能保持初心。
源中看著因自己而受傷的兒子信宇，再次陷入沉沉的思考中，最後他下定決定，打電話給法院院長坦承自己的錯誤。隔天源中自白並退出政壇，他帶著兒子信宇參加庭審，接受懲戒後準備離開法院，泰柱在和源中獨處時，向他坦白自己曾是少年犯的事，源中則是當年改變他一生的法官。
恩錫工作完後到了空曠的辦公室，發現部長留下的告別信，部長真心地說從來沒有埋怨過她，她的話都是正確的。未成年人冒用身分證租用車輛、無照駕駛，並撞傷外送員吳奎爽的案件，犯人疑似是先前曾說要改過自新的少年犯郭道皙。新上任的部長羅瑾熙出現，不過恩錫看著她時表情不太對勁。
第8集
在車禍案件中被說是駕駛人的郭道皙，在那之後受了重傷並宣告成為植物人，這個消息讓泰柱非常難接受。泰柱擅自去找租車公司詢問，意外得知當時道皙租車時，還有一位女同學在旁陪同。從涉入案件的女學生白媄珠送來的隨身碟影片中，恩錫看見了道皙被同學毆打的畫面，不過她保持中立並將影片送去鑑識、修復後，發現影片中有提及新的關鍵詞「照片」，引起恩錫懷疑。
多了關鍵物證，恩錫在庭審白媄珠時，向她詢問影片中提及照片一事，媄珠說自己和李楠景等人去海邊兩天一夜被偷拍還被拿來威脅，郭道皙為了幫她，遵從李楠景命令假冒身分證租借車輛，庭審途中，恩錫得知被害人吳奎爽已死亡的消息，庭審宣布暫停，該案將送回檢方調查，並以少年刑事案件處理。
庭審中途休息時，羅瑾熙認為案件兩方都沒有直接證據，所以想趕緊做結案，部長宣佈審判結果，她將這個案件變為少年保護事件，讓庭審就這樣草率結束了，被害者家屬聽到判決結果還是不知道案件的真相，心碎地在法院內大哭。
庭審結束後，李楠景等人覺得心裡痛快，媄珠則在法院外痛哭失聲。泰柱和恩錫心裡都不太愉快，泰柱一個人在車上看著道皙留下的書痛苦，恩錫則想起一段過往，隔天一早恩錫接下一件集體性侵案，看到案件上加害人黃仁俊的照片時，恩錫突然整個人不對勁呼吸困難、暈倒在地。
第9集
恩錫醒來後人已在醫院，醫生說她是因過度勞累而暈倒，建議留院觀察一陣子，不過恩錫還是勉強自己出院，隔天準時上班。延和集體性侵案中，受害人姜善雅16歲，在被灌醉後在工地遭到性侵，其他加害人都是未成年人，善雅事後說還有一位男性也有涉入此案，不過考量她當下意識不清，這段口供備受質疑。
姜善雅在被性侵後身心疲憊，還承受了不少網路和外界的議論。庭審後，部長將刑事庭主審一位交給恩錫，並將黃仁俊的少年保護案件交由車泰柱處理，不過恩錫卻堅持兩個案件都要她處理。車泰柱在研究性侵案加害人之一黃仁俊的背景時，發現仁俊在幼年時從高樓丟磚塊砸死過路人，當時的主審法官是部長羅瑾熙。
恩錫和部長爭取黃仁俊的少年保護案件，並說自己已握有確切證據，不過卻被狠狠拒絕了。恩錫將善雅父親和黃仁俊的錄音對話拿給泰柱聽，仁俊在音檔中承認自己有涉入此事，不過這個物證卻沒有證據能力，且因為善雅爸爸在當下忍不住毆打了仁俊，被關進了拘留所。
仁俊有七個前科，但他對犯罪絲毫不感害怕，因為他的每一次犯罪都沒有受到教訓，五年前他第一次站上法庭，羅瑾熙的輕判埋下他日後為所欲為的種子。羅瑾熙將黃仁俊的案件重新指派給恩錫，恩錫則用堅定的眼神要她好好關注這個案件。
恩錫在上班期間接到前夫的電話，前夫提醒她，法官為被告人或被害人之親屬，或涉及親屬關係就要自行迴避，原來當年仁俊丟磚塊時，砸死的就是恩錫的兒子小燦，也因此恩錫才如此討厭少年犯。
庭審時，黃仁俊聲稱自己當時不在工地內，但從工地外車輛行車紀錄器的監視影像中卻非如此。考量黃仁俊在法庭上說謊，將他的保護案件的裁定移送少年分類審查院。受害人善雅的主張變為事實，犯案現場的確有4位男性，新增的少年名為白度炫，五年前他和黃仁俊一同犯下磚塊殺人罪。
恩錫前夫的媽媽到法院打了恩錫一巴掌，說她藉由五年前的案子對前夫糾纏不清，害得他的相親告吹，前夫到恩錫家樓下代替自己媽媽向她道歉，不過恩錫卻說別再見面了，儘管恩錫和前夫離婚，小燦的死亡對他們來說是永遠的痛。
第10集
部長羅瑾熙收到黃仁俊律師的迴避聲請書，她才想起五年前磚塊殺人案的受害者母親就是沈恩錫，她為此事找恩錫談話，卻反被恩錫指控當年判案的草率，才造成他們日後繼續傷害人，兩人為此事起了很大爭執，恩錫即將被送往懲戒委員會，且手中的相關案件均要退出。
恩錫向泰柱詢問白度炫的事，泰柱說涉入性侵案的白度炫、徐東均、吳境秀、黃仁俊4人都是逃家犯罪集團成員，他們專門做援交、詐騙且早已惡名昭彰，白度炫是其中的老大，恩錫決定不顧一切地去調查，並調出逃家少女的名冊一一訪問，得知白度炫有女友一事。
從白度炫女友提供的資訊中，恩錫得知白度炫一行人不僅用仙人跳的方式騙財，還會性侵女孩並拍下影片事後威脅，要求她們配合詐騙。恩錫找到了白度炫的居所，沒多久後白度炫現身，長大後的他具有暴力傾向，他看見恩錫闖入暴打了她一頓，還拿刀子刺向她。
恩錫掙扎下將度炫一同推入了藍色燈光的房間，櫃子上有著各式各樣的鞋子，善雅的鞋子也在裡面，白度炫僅僅勒住恩錫意圖殺死她，此時警察正好來到現場，才沒有讓他得逞。
延和集體性侵案的最終庭審開始，主審羅瑾熙透過徐東均、吳境秀的口供確定白度炫是幕後主使，白度炫的偷拍手機被尋獲，檔案復原後，受害者和加害人的合照在法庭上一張張被秀出來，黃仁俊和白度炫因此爭吵並大打一架。
羅瑾熙將4位少年視為主犯，並將此事移送檢方。羅瑾熙原以為自己對審案不抱任何感情，才能夠保持中立，但很久之後她才領悟到這樣的想法並不適用在少年法庭上，並在此向所有受影響的人致歉。沈恩錫的懲戒委員會開始，羅部長收到前部長姜源中的請託，拜託她保護恩錫
恩錫看著少年法官席陷入反思，泰柱出現並向一直以來誤會恩錫而道歉，她明白恩錫的嚴厲判案並非感情用事，而是一種信念。恩錫回到家中，打開了死去兒子南宮燦的遺物，並在隔天將這些東西拿到追悼館一一燒掉，此時的她已放下了心中對小燦的執念。
恩錫在懲戒委員會承認自己的錯誤，最後她並未被開除，恩錫日後並沒有改變厭惡少年犯的想法，但為了導正這些少年犯，她不會戴著有色眼鏡看待他們，並將繼續抱持著這份厭惡感，成為一個更不一樣的人。
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